С декабря 1994 года по январь 1995 года возглавлял оборону Президентского дворца в Грозном. В феврале 1995 года Дудаев присвоил Масхадову звание дивизионного генерала.

Под руководством Масхадова было разработано и осуществлено нападение боевиков на Грозный, Аргун и Гудермес 6 августа 1996 года. 31 августа 1996 года Аслан Масхадов подписал с Александром Лебедем Хасавюртовские соглашения, согласно которым рассмотрение вопроса о статусе Чечни откладывалось до 31 декабря 2001 года.

17 октября 1996 года возглавил правительство ЧРИ: решением исполняющего обязанности президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева Масхадов стал одновременно премьер-министром коалиционного правительства Чечни и министром обороны, сохранив при этом должность начальника Главного штаба.

27 января 1997 года Масхадов был избран президентом ЧРИ, набрав 59 % голосов избирателей. Второе и третье места заняли Басаев (24 % голосов) и Яндарбиев (10 %).

В феврале и марте 1997 года в Грозном прошли антиправительственные митинги и демонстрации, организованные сторонниками Яндарбиева и Радуева. После чего 1 апреля 1997 года президент Масхадов отправил свое правительство в отставку

и назначил Шамиля Басаева первым вице-премьером нового правительства ЧРИ.

В июле-августе 1997 года в результате правительственного кризиса в отставку ушли Басаев, Гелаев и другие полевые командиры. Был сформирован новый кабинет, но уже в январе 1998 года Масхадов назначил главой правительства Басаева.

В июле 1998 года Басаев подал президенту Масхадову заявление об отставке с поста премьер-министра и был им назначен заместителем главнокомандующего вооружёнными силами ЧРИ.

23 июля 1998 года было совершено покушение на Масхадова. Во время его проезда по Грозному взорвалась припаркованная на обочине автомашина, начиненная взрывчаткой. Бронированный автомобиль президента перевернулся и загорелся, однако Масхадову и охранникам удалось выбраться из горящей машины.

23 сентября 1998 года Радуев и Басаев обвинили Масхадова в сговоре с Москвой и потребовали его отставки. В результате политического конфликта с полевыми командирами Масхадов потерял контроль над большей частью территории за пределами Грозного.

3 февраля 1999 года президент Масхадов подписал указ о введении в Чечне шариатского правления. Парламент был лишён законодательных прав, а высшим законодательным органом стала Шура - исламский совет. В ответ на это Басаев объявил о создании “оппозиционной Шуры”, которую сам и возглавил.

Летом 1999 года противостояние между сторонниками Масхадова и радикальной оппозицией резко обострилось. 4 июня чеченское телевидение передало обращение Масхадова: “Республика находится на грани междоусобной и межтейповой войны”.

11 июня прошла встреча Масхадова и премьер-министра России Сергея Степашина, посвящённая борьбе с организованной преступностью в Чечне. На следующий день в чеченской столице 200 боевиков оппозиции пытались взять штурмом здание Службы национальной безопасности Чечни с целью освобождения своих людей. В ходе перестрелки шесть сотрудников спецслужбы получили ранения, среди нападавших было более десяти убитых.

Тогда же Масхадов предпринял попытку консолидации с оппозицией. 12 июля в Грозном прошло заседание СНБ с участием Масхадова, Басаева, Удугова и других полевых командиров. Было решено, что СНБ будет высшим органом государственной власти Чечни и будет возглавляться самим Масхадовым.

7 августа 1999 года с территории Чечни было совершено массированное вторжение боевиков в Дагестан под общим командованием Шамиля Басаева. Масхадов на словах осудил нападения на Дагестан и их организаторов, однако реальных мер для противодействия им не предпринял. Президент Масхадов просил тогда лидеров Ингушетии и Северной Осетии Руслана Аушева и Александра Дзасохова о помощи в предотвращении новой войны и в организации личной встречи с российским премьером Владимиром Путиным. Но Путин наотрез отказался от всяких переговоров.

30 сентября 1999 года российские войска пересекли границы Чечни. Масхадов тогда возглавил вооружённое сопротивление и занял пост руководителя Государственного комитета обороны ЧРИ.

В середине октября 2002 года Масхадов дал интервью французскому агентству France-Presse. Аслан Масхадов объяснил радикализацию своей позиции отказом Запада поддержать его. “Западные лидеры вынуждены заигрывать с Россией для разрешения своих глобальных проблем, таких как Балканы, Афганистан, Грузия, а теперь и Ирак”, заявил он. “Теперь, когда война продолжается, мне нечего терять от того, что я связываюсь с такими людьми, как Басаев, Удугов или Яндарбиев - главными радикальными лидерами”.

В ноябре 2002 года Масхадов осудил теракт на Дубровке и объявил о возбуждении уголовного дела на Басаева, пригрозив сместить Басаева с должности, однако не предпринял каких-либо значимых действий. Басаев сам подал в отставку, как только взял на себя ответственность за “Норд-Ост” и вскоре вновь был назначен Масхадовым на ряд должностей в ЧРИ. Правительство США заявило, что после теракта на Дубровке Масхадов полностью лишился легитимности и не может претендовать на участие в мирном процессе.

После террористического акта в Беслане в сентябре 2004 года, ответственность за который взял на себя Шамиль Басаев, Масхадов распространил в Сети личное заявление с осуждением этого теракта. Но через 5 месяцев после теракта Масхадов восстановил Басаева в должности Военного Амира ЧРИ.

8 марта 2005 года Масхадов был убит в ходе спецоперации ФСБ в селе Толстой-Юрт, где он скрывался в подземном бункере под домом одного из дальних родственников.

Толстой-Юрт - родовое село Руслана Хасбулатова, которое всегда считалось центром антидудаевской оппозиции. В Толстой-Юрт после начала второй войны перебрались многие земляки и родственники Масхадова из Ножай-Юртовского района.

После смерти Масхадова “президентом ЧРИ” стал вице-президент Абдул-Халим Садулаев.

Мы так подробно изложили здесь весьма сложную и противоречивую историю взаимных отношений между Асланом Масхадовым и группировкой полевых командиров во главе с Басаевым и Радуевым, поскольку никаких других серьезных зацепок для вычисления клановой принадлежности чеченского президента Масхадова у нас фактически нет.

К слову сказать, если кто-то вообще сомневается, что у Масхадова могла когда-то завязаться тайная дружба с чекистами, то совершенно напрасно: поскольку никаким другим способом представитель репрессированного народа не смог бы сделать весьма успешную карьеру в советской армии. А ведь Аслан Масхадов в возрасте всего 35 лет был уже командиром полка – и если бы Советский Союз не развалился, то он бы запросто дослужился до генеральского звания, как это сделал Джохар Дудаев. Дудаев просто был на семь лет старше Масхадова, поэтому он еще успел заполучить генеральские лампасы – и, кстати, командиром авиаполка Дудаев стал в возрасте 36 лет…

Так вот, как мы уже говорили, президент Дудаев и его ближайшие соратники Яндарбиев и Радуев входили в семейный клан чекистской мафии. Естественно, полевой командир Басаев входил в эту же самую мафиозную группировку. А теперь нам осталось только прикинуть, какой из чекистских кланов в первой половине 90-х годов еще дружил с семейным кланом – а в конце 90-х годов перешел к острой вражде с этой мафией. И тогда сам собой всплывет ответ: коржаковский клан. И никаких других вариантов для клановой принадлежности Аслана Масхадова просто не существует. Ведь если бы, к примеру, Масхадов был из московского клана, то он в начале 90-х годов наверняка находился бы в рядах антидудаевской оппозиции – или просто держался бы тогда подальше от Чечни.

Так что выглядит символично, что президент Масхадов в последние дни своей жизни укрывался от российских войск именно на территории тейпа Руслана Хасбулатова, представителя московского клана. И Аслан Масхадов совершено правильно понимал осенью 2002 года, что Запад его не поддерживает именно из-за готовящейся американской оккупации Ирака – так что союз с президентом Путиным был тогда для западных политиков гораздо важнее…