Ещё одной временной ступенью становится Великая Отечественная война. Под Москвой, уйдя на фронт добровольцем, погибла Анна, был убит и друг героя, скульптор, ставший её мужем. Сам Иван Гирин отдал войне и её последствиям огромную часть жизни, много лет служа хирургом, главным врачом госпиталя.
Неизмеримо углубляют хронотоп всего романа видёния охотника Селезнёва, запечатлённые в ходе эксперимента по высвобождению наследственной памяти. Как вехи ушедшего, но неисчезнувшего прошлого человечества воспринимаются образы тибетских монастырей, храмы Кхаджурахо, тантрические обряды и история исчезнувшего флота Неарха.
Три части, несмотря на своеобразие сюжетов, не выглядят чуждыми, разнохарактерными: их объединяют авторский взгляд, постоянное осмысление фактов, событий, чувств, испытываемых героями. Лекционный материал, которым особенно нагружена русская часть, должен был, по мысли автора, служить важнейшей цели: только знание может стать основой духовного самовоспитания, без которого невозможно пройти лезвием бритвы — узкой дорогой к совершенному обществу («Эпилог»).
Проглотив книгу за одну-две ночи, ухватив нити интриги, молодые читатели возвращались к роману ещё и ещё раз, обращая внимание уже не столько на события, сколько на вдумчивые размышления автора, на богатство сведений по самым разным наукам, на цитаты и упоминания поэтов и художников, о которых в те годы не принято было говорить (М. И. Цветаева, М. М. Шкапская, 3. Е. Серебрякова, Н. К. Рерих). Деревянную статую Анны сравнивали со статуей С. Т. Конёнкова в Третьяковской галерее.
Распространено утверждение, что прототипом Ивана Родионовича Гирина стал Алексей Петрович Быстров, и слова самого Ефремова в предисловии ко второму изданию это вроде бы подтверждают. Но не стоит вырывать их из контекста: «Среди множества писем, мною полученных, больше всего волновали меня трагические просьбы о помощи в болезнях. Читатели принимали меня за врача или, во всяком случае, просили познакомить их с прототипом главного героя. Заранее должен сообщить, что я сам — не врач, а прототипом Гирина послужил мой покойный друг, врач и анатом, ленинградский профессор А. П. Быстров, который, увы, уже не придёт ни к кому на помощь».
Разумеется, заявлять во всеуслышание о писании героя с себя было бы не очень корректно. Какие-то качества, общие у Гирина с Быстровым — скажем, пресловутая способность к диагностике — была в наличии и у самого Ефремова, пусть и не в такой ярко выраженной, профессиональной форме. Конечно, Гирин, как и Быстров, был военврачом. От Быстрова же герою досталось и умение играть на пианино: обоим хорошо думалось под музыку.
Однако в большинстве черт образ Гирина имеет автобиографичный характер.
Быстров был человеком нелюдимым, Гирина же мы видим в постоянном общении. Трудно узнать невысокого, остроумно-язвительного, лысоватого Быстрова в большом надёжном Иване с неторопливой речью и отточенными жестами.
Могучая фигура с широким костяком, стремление проникнуть в сферу бессознательного, потрясающая работоспособность и задатки необычных способностей, круг интересов, дружеские связи и отношение к Симе, в образе которой воплотилась Тася с биографией Веры Щегловой. Обобщающие формулировки, фокусировка идей и глубокая внутренняя уравновешенность — всё это, конечно, черты, присущие прежде всего самому автору. И даже привычка убегать от огорчений в зоопарк принадлежит Ефремову.
В этом ключе крайне любопытен ещё один заход: в прологе, после философского вступления о судьбе и ключевых событиях, открывающих её новый виток, рассказывается о выставке, где в одном помещении находятся серые камни — немые герои романа, и голубоглазый мальчик Ваня, полный внимания и замирающий перед красотой разнообразных минералов. Само собой воспринимается этот мальчик маленьким Гириным, но… тому в момент проведения выставки было всего два годика, и это явно не он. Зато другой мальчик Ваня — Ефремов — из всамделишнего мира — вполне мог посетить такую выставку в 1914 году. Здесь мы видим уникальный для Ефремова приём, который положил во главу угла всего своего творчества другой выдающийся писатель — Владислав Петрович Крапивин. Речь идёт о скрещивании двух реальностей и рождении благодаря этому невероятной и непредсказуемой третьей, которой словно сообщается дополнительное измерение. Мир, в котором происходят такие превращения и пространственные наложения, Крапивин назвал… Великим Кристаллом.
Писатель, учёный, мыслитель
Во главе Монгольской экспедиции
И. А. Ефремов, Н. И. Новожилов и А. К. Рождественский в Гоби
Поцелуй. Абрамцево, 1947 г.
Ефремов с сыном Алланом
Писатель за работой. 1950 г.
Аллан, Е. Д. Конжукова и И. А. Ефремов в санатории «Узкое»
Трое на берегу. Коктебель, 1951
Интерьер дома Волошина в Коктебеле
Ефремов в своём кабинете 
У машины «Дракон» в Монголии
И. А. Ефремов и К. К. Флеров у скелета динозавра 
С немецким палеонтологом Фредериком Хюне
Ефремов с коллегами в гостях у П. К. Чудинова. 1961 г.
Елена Дометьевна в Никитском ботаническом саду
Ефремов с Алланом. 1952 г.
До конца жизни Иван Антонович сохранил страстность натуры
Э. Б. Вадецкая. 1950-е гг.
Журнал с первой публикацией романа «Туманность Андромеды
Шуточный «паспорт землянина», выданный Ефремову друзьями
Иван Антонович и Таисия Иосифовна. 1970 г.
Иллюстрации Галины Яремчук к роману «Лезвие бритвы»