Из III песни «Одиссеи» мы узнаем, что произошло во время его отсутствия:

Тою порою, как билися мы на полях илионских, Он в безопасном углу много конного града Аргоса Сердце жены Агамемнона лестью опутывал хитрой. Прежде самой Клитемнестре божественной было противно Дело постыдное - мыслей порочных она не имела; Был же при ней песнопевец, которому царь Агамемнон, В Трою готовясь плыть, наблюдать повелел за супругой; Но как скоро судьбина ее предала преступленью, Тот песнопевец был сослан Эгистом на остров бесплодный, Где и оставлен; и хищные птицы его растерзали. Он же ее, одного с ним желавшую, в дом пригласил свой…

Преступная пара, опасаясь последствий вероломства, задумала погубить Агамемнона, как только он вернется из троянского похода. О том, каким образом они осуществили свой замысел, рассказывает нам Гомер устами спартанского царя Менелая в IV песне «Одиссеи»:

Ветер попутный им дали: в отечество их проводил он.  Радостно вождь Агамемнон ступил на родительский берег.  Стал целовать он отечество милое; снова увидя Землю желанную, пролил обильно он теплые слезы.  Но издалека с подзорной стоянки увидел Атрида  Сторож, Эгистом поставленный (злое замысля, ему он  Дать обещал два таланта); и там наблюдал он уж целый  Год, чтоб Атрид не застал их врасплох, возвратяся внезапно.  С вестью о нем роковой побежал он в жилище Эгиста.  Ков смертоносный тогда хитроумный Эгист приготовил:  Двадцать отважных мужей из народа немедля он выбрав,  Скрыл их близ дома, где был приготовлен обед изобильный;  Взяв колесницы с конями, к царю он Атриду навстречу  С ласковым зовом пошел, замышляя недоброе в сердце;  Введши его, подозрению чуждого, в дом, на веселом  Пире его он убил, как быка убивают при яслях;  Люди, с Атридом пришедшие, все до единого пали  Но и Эгистовы с ними сообщники также погибли.

Перевод В. А. Жуковского

В трагедии Эсхила «Агамемнон» главной виновницей убийства является Клитемнестра. Ею руководит не только боязнь наказания за измену, но в еще большей степени - демон ненависти и мести: она не могла простить Агамемнону, что, отправляясь под Трою, он принес в жертву их дочь Ифигению, чтобы вымолить у богов попутные ветры на море. Из трагедии мы, кроме того, узнаем, что вместе с Агамемноном в Микенах погибла его пленница Кассандра, дочь царя Приама, вещунья, которой являлись духи. Именно она предсказала падение Трои.