О Марло также широко распространено было опасное для него мнение, что он "атеист". Осведомители сообщали о нем Тайному совету, что он "был способен выдвинуть более убедительные доказательства в пользу атеизма, чем какое-либо духовное лицо в Англии в пользу существования бога" и что он будто бы "хвастался тем, что читал лекции по атеизму сэру Уолтеру и прочим". "Куда он ни приходит, - писал другой доносчик, - он всегда старается обратить людей в атеизм, рекомендуя им не давать себя запугать верой во всяких оборотней и домовых и издеваясь над богом и его служителями". В том же доносе Марло приписываются утверждения, что чудеса, совершающиеся по воле божьей, могут твориться людьми на основании опыта, что Моисей был фокусником и что Хариот (названный уже астроном из кружка Ралея) может сделать больше, чем он, что Моисею легко было, пользуясь искусством египтян, обманывать иудеев, так как они были народом грубым и невежественным, что Христос был незаконнорожденным и заслуживал казни больше, чем разбойник Варрава, как это хорошо знали иудеи, что религия была создана для того, чтобы держать людей в страхе, и много другого в том же роде. Незадолго до гибели Марло против него в Тайном совете возбуждено было дело по обвинению в атеизме. Обвинение это против передовых мыслителей и ученых эпохи Возрождения становится в это время в Англии столь же стандартным, как в более отсталой Германии обвинение в колдовстве и сношениях с дьяволом. Атеизм начиная с 1590-х годов понимался английским судом очень широко, включал все виды вольнодумства и скептицизма по отношению к господствующей англиканской церкви, во главе которой стояла королева, и рассматривался как преступление политическое. Есть основание думать, что последовавшее вскоре затем убийство Марло в одной из таверн в окрестностях Лондона, совершившееся при невыясненных обстоятельствах (1593), было подстроено тайной полицией.

Тема безграничности человеческого знания, столь близкая мировоззрению самого Марло, намечена уже в "Тамерлане", его первой драме:

Наш дух, способный до конца постичь

Вселенной нашей дивное устройство,

Измерить бег блуждающей кометы,

Все к новым знаниям стремится вечно.

В "Фаусте" пафос первых монологов - в той же оптимистической вере в безграничную силу знания, но эта вера облечена в формы, подсказанные традиционным сюжетом легенды ("Искусный маг есть всемогущий бог"), из рамок которого Марло не выходит как драматург, не нарушающий художественной правды этой легенды. Борьба "добра" и "зла" за душу Фауста происходит в соответствии с мировоззрением легенды и зрителя, и в рамках легенды "грешника" постигает заслуженная кара - адские муки. Последние слова обреченного ("Я сожгу свои книги!") обличают науку как источник его несчастья: и в этом Марло остается верным традиции и художественной логике образа, а не своим убеждениям, которые звучат приглушенно в эпилоге - в высокой оценке "смелого ума" героя. Характерны, однако, отдельные субъективные отступления на протяжении пьесы, в которых Фауст - Марло поучает Мефистофеля в духе атеизма и материализма, заверяя его, что "не страшит его словцо "проклятье"", или предлагая "праздные оставить рассужденья о гибели, о душах и о прочем":

Не мнишь ли ты, что Фауст склонен верить.

Что может быть страданье после смерти?

Старушечьи все выдумки!

Так же своеобразно и неканонично представление об аде, излагаемое Мефистофелем в традиционной "беседе" с Фаустом: ад - не место ссылки грешных душ, он - в самом страдании грешника от совершенного греха.

Мой ад везде, и я навеки в нем!

Драматическая обработка народного романа позволила Марло создать для повествования новые композиционные рамки. Пользуясь техникой старинной английской драмы, он отодвинул биографическую экспозицию в пролог: о рождении, воспитании героя и его успехах в науках мы узнаем в этом прологе из эпического рассказа Хора. Собственно действие открывается в тот момент, когда Фауст, сидя в своем кабинете, погруженный в пыльные фолианты, в последний раз производит "смотр" университетским наукам и, не удовлетворенный философией, медициной, правом и богословием, решает обратиться к магии, к "божественным книгам некромантов". Эта драматическая экспозиция, представляющая нововведение Марло, дала прочное и концентрированное начало действия, которое в дальнейшем сохранилось во всех драматических обработках легенды - от народной драмы и кукольной комедии до "Фауста" Лессинга и Гете. В конце трагедии стоит такая же эффектная заключительная сцена: в том же кабинете Фауст в последнюю ночь своей жизни, терзаемый ужасом приближающейся расплаты, произносит свой последний монолог, прислушиваясь к бою часов, предвещающему наступление рокового двенадцатого часа и появление дьяволов, пришедших за своей добычей.

Между этими двумя неподвижными точками, началом и концом действия, проходит ряд драматизованных сцен, следующих в основном канве народного романа и развивающихся в последовательности эпического повествования.

Фауст получает магические книги от двух чернокнижников, Корнелия и Вальдеса, - эпизод, которого нет у Шписа (Комментарии, стр. 409); заклинание дьявола в лесу на перекрестке; заключение договора с Мефистофелем; разговоры между ними, прерываемые сомнениями и колебаниями Фауста; путешествия, изложенные в повествовательной форме (частично Хором, частично - в диалоге между Фаустом и Мефистофелем); широко развернутые приключения при папском дворе, при дворе императора Карла V (заклинание Александра Великого и его возлюбленной), при дворе герцога Вангольтского (т. е. Ангальтского); заклинание Елены перед студентами; неудачная попытка благочестивого старца обратить Фауста на путь праведный; сожительство Фауста с Еленой; последняя ночь со студентами.

Введены и некоторые комические анекдоты народной книги: о рыцаре при дворе императора, у Марло носящем имя Бенволио, которого Фауст награждает рогами (Тексты, II, гл. 34); о продаже лошадей барышнику и вырванной ноге (Тексты, II, гл. 39). Число таких эпизодов при свободной композиции, характерной для драматизованного романа, легко могло быть увеличено новыми вставками, как это видно при сравнении более поздней печатной редакции (1616) с более ранней (1604), в особенности при сравнении трагедии Марло с ее позднейшими немецкими народными переработками.